Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VIMP08670 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VIMP08670 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
VIMP08670 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VIMP08670 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
VIMP08670 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
VIMP08670 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VIMP08670 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VIMP08670 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
VIMP08670 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VIMP08670 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VIMP08670 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
VIMP08670 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
VIMP08670 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
VIMP08670 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
VIMP08670 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
VIMP08670 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VIMP08670 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VIMP08670 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VIMP08670 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VIMP08670 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
VIMP08670 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VIMP08670 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VIMP08670 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VIMP08670 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VIMP08670 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
VIMP08670 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VIMP08670 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
VIMP08670 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VIMP08670 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VIMP08670 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VIMP08670 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VIMP08670 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VIMP08670 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VIMP08670 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VIMP08670 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VIMP08670 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VIMP08670 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VIMP08670 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VIMP08670 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VIMP08670 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VIMP08670 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VIMP08670 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VIMP08670 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VIMP08670 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VIMP08670 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VIMP08670 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VIMP08670 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VIMP08670 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VIMP08670 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VIMP08670 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VIMP08670 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VIMP08670 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VIMP08670 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VIMP08670 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
VIMP08670 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VIMP08670 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VIMP08670 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VIMP08670 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VIMP08670 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VIMP08670 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VIMP08670 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VIMP08670 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VIMP08670 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VIMP08670 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VIMP08670 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VIMP08670 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VIMP08670 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VIMP08670 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VIMP08670 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VIMP08670 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
VIMP08670 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VIMP08670 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
VIMP08670 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VIMP08670 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
VIMP08670 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
VIMP08670 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VIMP08670 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VIMP08670 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VIMP08670 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VIMP08670 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VIMP08670 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VIMP08670 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VIMP08670 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VIMP08670 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VIMP08670 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VIMP08670 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VIMP08670 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VIMP08670 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VIMP08670 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VIMP08670 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VIMP08670 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VIMP08670 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VIMP08670 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VIMP08670 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VIMP08670 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VIMP08670 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VIMP08670 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VIMP08670 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
VIMP08670 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms