Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms