Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
PCIF1Q9H4Z3 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
PCIF1Q9H4Z3 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms