Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC42Q96M95 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC42Q96M95 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms