Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
USP53Q70EK8 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms