Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 CELF1-204ENST00000395290 7666 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.44□□□□□ -0.12e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 CELF1-203ENST00000361904 1580 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.152e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 CELF1-205ENST00000395292 2191 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.522e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 CELF1-202ENST00000358597 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.3□□□□□ -0.62e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 CELF1-215ENST00000532048 3044 ntTSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.662e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 RPS6KA3-202ENST00000438357 530 ntTSL 519.89■□□□□ 0.777e-10■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 RPS6KA3-206ENST00000492128 553 ntTSL 412.94□□□□□ -0.347e-10■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 CENPE-206ENST00000514974 581 ntTSL 515.64■□□□□ 0.093e-10■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.012e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 TMEM63A-203ENST00000474478 5407 ntTSL 216.29■□□□□ 0.22e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 TMEM63A-205ENST00000483779 634 ntTSL 215.51■□□□□ 0.072e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 TMEM63A-201ENST00000366835 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.142e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.029e-13■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.839e-13■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.839e-13■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 MGME1-205ENST00000467391 740 ntTSL 1 (best)12.06□□□□□ -0.489e-13■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 MGME1-204ENST00000463219 571 ntTSL 311.53□□□□□ -0.569e-13■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 GTF2IP7-201ENST00000434037 2399 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.611e-6■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.581e-7■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.491e-7■■■□□ 15.1
U2AF1Q01081 PIK3C2A-203ENST00000531428 1593 ntTSL 1 (best)20.85■□□□□ 0.937e-7■■■□□ 15
U2AF1Q01081 PIK3C2A-201ENST00000265970 8227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.15□□□□□ -1.17e-7■■■□□ 15
U2AF1Q01081 JARID2-202ENST00000397311 5595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.563e-7■■■□□ 15
U2AF1Q01081 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.622e-7■■■□□ 15
U2AF1Q01081 AC022167.1-201ENST00000564919 409 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.22e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 ERV3-1-201ENST00000394323 2719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.66□□□□□ -0.72e-6■■■□□ 15
U2AF1Q01081 ZNF117-202ENST00000487644 1837 ntTSL 27□□□□□ -1.292e-6■■■□□ 15
U2AF1Q01081 DGCR8-204ENST00000457069 770 ntTSL 322.98■■□□□ 1.272e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 EZH2-207ENST00000483012 1491 ntTSL 232.13■■■□□ 2.731e-6■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MEF2A-208ENST00000558856 574 ntTSL 434.26■■■■□ 3.087e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MEF2A-209ENST00000558983 847 ntTSL 334.2■■■■□ 3.077e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.357e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.077e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.637e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.137e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.117e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NQO2-207ENST00000397717 833 ntTSL 521.77■■□□□ 1.087e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.037e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.997e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.927e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.817e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 AAAS-220ENST00000552876 2016 ntTSL 219.33■□□□□ 0.687e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RAB11FIP1-205ENST00000523182 2329 ntTSL 1 (best)18.9■□□□□ 0.627e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RAB11FIP1-201ENST00000287263 6253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.57e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 AAAS-202ENST00000394384 1703 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.447e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NQO2-204ENST00000380454 851 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.357e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 AAAS-201ENST00000209873 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.347e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 AAAS-212ENST00000548931 1075 ntTSL 516.33■□□□□ 0.27e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RNF24-201ENST00000336095 7453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.157e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RNF24-202ENST00000358395 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.147e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RAB11FIP1-202ENST00000330843 7811 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.17e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 CPED1-209ENST00000520801 553 ntTSL 415.14■□□□□ 0.017e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NQO2-206ENST00000380472 689 ntTSL 515.04■□□□□ -07e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NQO2-205ENST00000380455 10084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.047e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RAB11FIP1-204ENST00000522774 3078 ntTSL 1 (best)13.99□□□□□ -0.177e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NQO2-208ENST00000426637 626 ntTSL 511.39□□□□□ -0.597e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MEF2A-201ENST00000338042 5464 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.36□□□□□ -0.757e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MEF2A-203ENST00000449277 5182 ntTSL 5 BASIC10.34□□□□□ -0.757e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MEF2A-205ENST00000557942 5413 ntTSL 5 BASIC10.23□□□□□ -0.777e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 CPED1-204ENST00000428526 2219 ntTSL 210.15□□□□□ -0.787e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RNF24-203ENST00000432261 3149 ntTSL 5 BASIC10.11□□□□□ -0.797e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NQO2-209ENST00000606474 470 ntTSL 3 BASIC9.01□□□□□ -0.977e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 CPED1-205ENST00000443817 1118 ntTSL 1 (best)5.65□□□□□ -1.57e-8■■■□□ 15
U2AF1Q01081 LINC00106-201ENST00000430235 370 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.228e-9■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.347e-15■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NDUFV2-208ENST00000577703 854 ntTSL 329.65■■■□□ 2.347e-15■■■□□ 15
U2AF1Q01081 AP005263.1-202ENST00000578850 198 ntTSL 225.67■■□□□ 1.77e-15■■■□□ 15
U2AF1Q01081 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.77e-15■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NDUFV2-209ENST00000583375 211 ntTSL 521.84■■□□□ 1.097e-15■■■□□ 15
U2AF1Q01081 NDUFV2-202ENST00000400033 942 ntTSL 3 BASIC9.99□□□□□ -0.817e-15■■■□□ 15
U2AF1Q01081 SPTA1-205ENST00000481212 643 ntTSL 38.56□□□□□ -1.047e-7■■■□□ 15
U2AF1Q01081 SPTA1-209ENST00000498708 600 ntTSL 37.33□□□□□ -1.247e-7■■■□□ 15
U2AF1Q01081 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.075e-12■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MED14-201ENST00000324817 7984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.382e-7■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RC3H1-201ENST00000258349 10988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.93□□□□□ -1.462e-7■■■□□ 15
U2AF1Q01081 RC3H1-202ENST00000367694 3775 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC5.78□□□□□ -1.482e-7■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MTPAP-205ENST00000488290 4103 ntTSL 215.86■□□□□ 0.132e-14■■■□□ 15
U2AF1Q01081 MTPAP-201ENST00000263063 5601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.49□□□□□ -1.052e-14■■■□□ 15
U2AF1Q01081 HNRNPH1-240ENST00000521720 539 ntTSL 322.05■■□□□ 1.122e-6■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.382e-8■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 SEH1L-201ENST00000262124 3494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.162e-8■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 SEH1L-208ENST00000590843 5206 ntTSL 1 (best)14.64□□□□□ -0.074e-9■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 EPB41-203ENST00000349460 3029 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.161e-6■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 EPB41-207ENST00000373800 2853 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.291e-6■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 EPB41-204ENST00000356093 5857 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.511e-6■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 EPB41-206ENST00000373798 5933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.41□□□□□ -0.581e-6■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 EPB41-202ENST00000347529 2676 ntTSL 1 (best) BASIC10.83□□□□□ -0.681e-6■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 EPB41-201ENST00000343067 5956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.15□□□□□ -0.941e-6■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 BRAF-202ENST00000469930 1058 ntTSL 227.71■■■□□ 2.031e-8■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.641e-8■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 BRAF-205ENST00000497784 2336 ntTSL 511.22□□□□□ -0.611e-8■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 ADGRG6-204ENST00000367609 6887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.232e-10■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 ADGRG6-202ENST00000296932 6849 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.232e-10■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 ADGRG6-203ENST00000367608 6879 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.432e-10■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 ADGRG6-201ENST00000230173 7026 ntTSL 1 (best) BASIC11.58□□□□□ -0.562e-10■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 EEF2K-201ENST00000263026 7388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.13e-10■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 POGZ-203ENST00000368863 6054 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.579e-13■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 POGZ-205ENST00000409503 4813 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC10.83□□□□□ -0.689e-13■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 POGZ-201ENST00000271715 6626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.79e-13■■■□□ 14.9
U2AF1Q01081 POGZ-214ENST00000492528 508 ntTSL 210.44□□□□□ -0.749e-13■■■□□ 14.9
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 50.2 ms