Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SDC1P18827 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SDC1P18827 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SDC1P18827 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SDC1P18827 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SDC1P18827 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
SDC1P18827 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
SDC1P18827 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
SDC1P18827 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SDC1P18827 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20■□□□□ 0.79
SDC1P18827 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SDC1P18827 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SDC1P18827 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SDC1P18827 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SDC1P18827 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SDC1P18827 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SDC1P18827 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SDC1P18827 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SDC1P18827 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SDC1P18827 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms