Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A3P12111 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A3P12111 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms