Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS39Q96JC1 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms