Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC39Q9UFE4 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms