Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms