Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC112Q8NEF3 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC112Q8NEF3 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.8 ms