Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL4A3Q01955 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms