Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
HERVK_113P62684 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HERVK_113P62684 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms