Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS29Q9UBQ0 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms