Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SCN3AQ9NY46 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms