Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CHMP4AQ9BY43 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms