Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
CCDC140Q96MF4 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms