Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
VPS39Q96JC1 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms