Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
RPUSD4Q96CM3 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms