Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP4Q13107 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP4Q13107 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP4Q13107 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP4Q13107 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP4Q13107 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP4Q13107 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
USP4Q13107 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP4Q13107 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP4Q13107 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP4Q13107 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
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