Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL4A4P53420 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL4A4P53420 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms