Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIG3P49916 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG3P49916 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG3P49916 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG3P49916 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG3P49916 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG3P49916 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG3P49916 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG3P49916 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIG3P49916 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIG3P49916 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIG3P49916 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG3P49916 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG3P49916 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG3P49916 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG3P49916 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG3P49916 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG3P49916 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG3P49916 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIG3P49916 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIG3P49916 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIG3P49916 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIG3P49916 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIG3P49916 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIG3P49916 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms