Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SCN4AP35499 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN4AP35499 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms