Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXD9P28356 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXD9P28356 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
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