Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
CCDC3Q9BQI4 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms