Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP41Q3LFD5 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms