Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL7A1Q02388 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms