Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
COL4A4P53420 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL4A4P53420 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms