Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HOXC9P31274 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms