Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMKR1H3BMG3 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SMKR1H3BMG3 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms