Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CPSF3Q9UKF6 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.3 ms