Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMA1Q9UHB6 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.4 ms