Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMD1Q9UGP4 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMD1Q9UGP4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMD1Q9UGP4 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms