Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC140Q96MF4 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms