Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SYNE3Q6ZMZ3 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SYNE3Q6ZMZ3 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms