Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHHQ15465 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHHQ15465 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SHHQ15465 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SHHQ15465 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SHHQ15465 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SHHQ15465 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SHHQ15465 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SHHQ15465 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SHHQ15465 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SHHQ15465 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
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