Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL9A3Q14050 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL9A3Q14050 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL9A3Q14050 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
COL9A3Q14050 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL9A3Q14050 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
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