Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
COL7A1Q02388 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms