Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
PTPN9P43378 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PTPN9P43378 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms