Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HOXD3P31249 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms