Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SMARCA1P28370 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.3 ms