Protein–RNA interactions for Protein: E9PGA6

C1QTNF3-AMACR, C1QTNF3-AMACR readthrough (NMD candidate), humanhuman

Predictions only

Length 284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
C1QTNF3-AMACRE9PGA6 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms