Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
LIMCH1Q9UPQ0 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
LIMCH1Q9UPQ0 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIMCH1Q9UPQ0 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms