Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BRPF3Q9ULD4 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
BRPF3Q9ULD4 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms