Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CCDC112Q8NEF3 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC112Q8NEF3 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms