Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP54Q70EL1 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
USP54Q70EL1 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms