Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP41Q3LFD5 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP41Q3LFD5 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.77■■□□□ 1.23
USP41Q3LFD5 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP41Q3LFD5 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP41Q3LFD5 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP41Q3LFD5 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP41Q3LFD5 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP41Q3LFD5 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms