Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A4P53420 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A4P53420 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms