Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIG3P49916 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIG3P49916 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIG3P49916 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIG3P49916 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIG3P49916 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms